一、审查起诉阶段发现新罪怎么办。1、审查起诉阶段，发现有罪的，应当制作补充侦查提纲，连同案卷材料一并退回机关补充侦查。2、人民也可以自行侦查，必要时可以要求机关提供协助。3、法律依据：《人民刑事诉讼规则》第三百四十二条。二、刑事案件审查起诉的程序是怎样的。1、由案件承办人负责审查案件的管辖、审查随案移送的文书和证据材料，并作出适当处理。2、审查案件的事实和证据以及法律的使用。应当认真审阅案件材料，包括诉讼文书和各种证据材料，仔细审查案件中的疑点和难点，得出正确的结论。3、复核与案件有关的事实和证据。审查起诉应当讯问犯罪嫌疑人，应当听取被害人和嫌疑人、被害人委托的人的意见。必要时，应当直接讯问证人、或者重新进行鉴定、堪验和检查。