高速超速25%扣3分。根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，高速公路上机动车超速行驶未达到50%的，应当处以200元以上2000元以下的罚款，并记3分。因此，如果在高速公路上超速25%，扣除的分数为3分。另外，需要注意的是，如果超速行驶达到或者超过50%，将被吊销机动车驾驶证，并且5年内不得重新取得机动车驾驶证。超速罚款扣分标准是。1、超速处罚超过规定时速10%以内，暂不处罚。2、超过规定时速10%以上未达20%的，处以50元罚款，记3分。3、超过规定时速20%以上未达30%的，处以50元罚款，记6分。4、超过规定时速30%以上未达50%的，处以200元罚款，记6分。5、超过规定时速50%以上未达70%的，处以1000元罚款，记12分，可以并处吊销驾驶证。