停薪留职社保处理如下：1、如果劳动者在停薪期间未与用人单位就社保缴纳达成明确协议或签订书面协议，虽然劳动者在停薪期间仍与用人单位保持劳动关系，但实际上没有向用人单位提供劳务，也没有接受用人单位的日常管理，那么用人单位一般没有义务为劳动者缴纳社会保险费，劳动者在此期间缴纳社保的诉求一般不会得到仲裁机构的支持。2、因此，劳动者最好在停薪留职前与用人单位达成协议，以免影响社保待遇。停薪留职的条件；企业职工停薪留职，这是特殊时期的产物，现在已经废除了。停薪留职是指为了使特定职工有期限离岗停薪并保留职工身份，而由用人单位与该职工依法签订的，约定停薪留职期间双方相互权利和义务的合同。