申请软件著作权保护的流程包括填写申请表、提交申请文件、登记机构受理申请、审查和获得登记证书。申请人需要在中心网站注册并填写申请表，然后按要求提交纸质文件。登记机构会在规定期限内受理申请并进行审查，符合规定的将获得登记证书。法律分析；申请软件著作权保护流程如下：1、办理流程；填写申请表--→提交申请文件---→登记机构受理申请--→审查--→取得登记证书。2、填写申请表；在中心网站上，首先进行用户注册，然后用户登陆，在线按要求填写申请表后，确认、提交并在线打印。3、提交申请文件；申请人或代理人按照要求提交纸质登记申请文件。4、登记机构受理申请。申请文件符合受理要求的，登记机构在规定的期限内予以受理，并向申请人或代理人发出受理通知书；不符合受理要求的，发放补正通知书。5、审查；