离婚的时候有两个孩子的，可以协商决定孩子的抚养权归属，可以约定一人抚养一个，也可以约定一个人抚养两个。如果双方不能达成一致意见，那可以请求判决，会根据最有利于孩子的原则进行判决。法律依据。《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条。父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。