（一）查明事实阶段。即查清违章建筑形成的时间、原因、结构、面积、用途，是否存在民事纠纷，是否存在同时违反两个以上的行律规范的情形，是否已经行政执法机关查处等。对已经查处的按查处的结论办理，对未经查处的，进入下阶段。（二）处理和处罚阶段。第一步按时间分类分流。根据各地城市规划的具体时间合情合理地确定违法建筑的时间界限。第二步，按是否存在违章建筑的行为同时违反了两个以上的行律规范的情形为标准分类分流。第三步，作出处理或处罚决定。然后根据处理或处罚决定分别处置，对补办手续的，进入补办手续阶段；对处以没收或限期拆除的，进入执行阶段。（三）补办手续阶段。对依法应当直接补办手续或经过处罚后要求补办手续的，由违章建筑的当事人到相关行政部门补办手续。