学校无权扣留学生档案，协商不成可向法院起诉要回。毕业证书是证明学生已按国家要求完成学业，并经过考试考核符合国家相关规定，准予毕业的证明文件，校方无权扣押学生的毕业证书。学生因未按约定期限归还贷款或有其他违约行为，学校可要求学生承担相应的违约责任，履行归还义务、赔偿损失等。如学校仍扣押毕业证书，可以向法院提起诉讼。应当归档的材料，按照国家有关规定定期向本单位档案机构或者档案工作人员移交，集中管理，任何个人不得拒绝归档或者据为己有。国家规定不得归档的材料，禁止擅自归档。法律依据。《中华人民共和国档案法》。第十三条 直接形成的对国家和社会具有保存价值的下列材料，应当纳入归档范围。（一）反映机关、团体组织沿革和主要职能活动的。