如果是未付全款的商用房，被法院查封后，拍卖所得的款项，先偿还银行贷款或者支付开发商剩余的房款，然后才能支付申请人。如果商户还没有办理产权登记，法院则应通知房屋所有人或者管理人。法律链接：《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第十条查封尚未进行权属登记的建筑物时，人民法院应当通知其管理人或者该建筑物的实际占有人，并在显著位置张贴公告。第十九条被执行人购买需要办理过户登记的第三人的财产，已经支付部分或者全部价款并实际占有该财产，虽未办理产权过户登记手续，但申请执行人已向第三人支付剩余价款或者第三人同意剩余价款从该财产变价款中优先支付的，人民法院可以查封、扣押、冻结。