公司有债务时，只有在清算结束后，清算组提交清算报告并经股东会、股东大会或法院确认后，才能申请注销登记。在公司破产清算时，如果没有可供执行的财产，在债务未清偿时，清算程序终止后可以申请注销登记。办理公司注销需要提交注销登记申请书、公司法定代表人签署的申请书、破产裁定或关闭文件、清算报告、完税证明、账户注销证明、营业执照副本等文件。法律分析；一、公司有债务可以注销吗。公司解散清算的，有债务未清偿的情况下，清算未结束，不能办理注销登记。而公司破产清算时，如果没有财产可供执行的，在债务未清偿时，清算结束，法院裁定清算程序终止后，可以申请注销登记。《中华人民共和国公司法》。