1.出发点不一样，所要解决的问题不一样。医疗事故鉴定主要是为卫生部门行政执法提供依据，司法鉴定主要是为司法裁判提供依据。2.鉴定的范围不一样。司法鉴定的范围比医疗事故鉴定的范围要宽得多。3.鉴定的程序不一样。当医院方申请医疗事故鉴定和患者方申请司法鉴定发生冲突时，从有利于化解矛盾和提高诉讼效率的角度考虑，应当准许司法鉴定。但关键问题是，进行司法鉴定的也需要有相应的临床医学知识。对于同时存在医疗事故鉴定和司法鉴定，采信权在法官。一、民事诉讼法关于司法鉴定程序。