农民工工资超过5000扣税，超过部分按3%至45%的累进税率扣除。扣税申报方式有上门、邮寄和数据电文三种。个人所得税扣除标准包括子女教育、继续教育、大病医疗和住房贷款利息等方面。法律分析；农民工工资超过5000扣税标准是超过的部分按照百分之三至百分之四十五的超额累进税率扣除。扣税申报的方式有上门申报、邮寄申报和数据电文申报三种。一、农民工工资超过5000怎么扣税。农民工工资超过5000扣税标准是：工资超过五千的部分适用3%—45%的超额累进税率进行扣税。应纳税所得额=工资收入金额－各项社会保险费－起征点（5000元）。应纳税额=应纳税所得额x税率-速算扣除数。二、扣税申报的方式有哪几种。扣税申报的方式有以下几种。