1、适用公司不同。境内获准的免税运营商主要有5家，分别为：中免公司、深圳市国有免税商品(集团)有限公司、珠海免税企业集团有限公司、日上免税行(上海)有限公司和新设立的海南省免税品经营公司。而零税率只有中免公司可以在全国范围内的主要机场、港口和边境口岸经营零税率业务，不存在地域限制，而其他公司则作为区域性或招标试点经营的零税率运营商。增值税优惠幅度和进项税额抵扣待遇不同。增值税零税率不仅是本交易环节(或流通环节)的增值额部分不用缴纳增值税，而且，以前各交易环节(或流通环节)的累积增值额也不用缴纳增值税，具体通过允许抵扣进项税额来实现。但免税仅仅是本交易环节(或流通环节)的增值额部分不用缴纳增值税，进项税额不允许抵扣，计入交易成本，如果税务和会计上已经抵扣了，需做转出进项税额处理。