棚户区改造房产证存在多个问题：1、短期内无法办理；2、缴纳税赋不确定。3、改造后产生多套房，政府难以确定如何征税。契税只需交一次，首套房和小于90平方米的二套房契税为1%，大于90平方米的首套房为1.5%，大于等于90平方米的二套房为2%，三套房以上统一交4%。购买新房办理房产证费用包括契税、登记费、公共资金等。二手房交易费用包括交易费、登记费、契税、营业税及个人所得税。法律分析；棚户区改造房具有房产证，但涉及到诸多问题。1、短期内不能办理。2、缴纳税赋不确定。3、改造后因此而产生了许多的二套房三套房甚至多套房，政府怎么收这部分房子的税肯定要定高税价，政府也很难定这部分的税赋。一、契税只要交一次吗。