如果合同生效后有异议，具体处理方法如下：1、可以通过协商解决。2、当事人可以通过和解或者调解解决合同纠纷。3、当事人不愿和解、调解或者和解的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。4、当事人未订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行具有法律效力的判决、仲裁裁决和调解书；拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。【本文关联的相关法律依据】。《中华人民共和国民法典》。第五百三十三条 合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。