员工旷工三天自离有工资。1、在一般情况下，员工旷工三天后自离，用人单位应当按照该员工当月的实际出勤数发放工资。2、工资是员工为用人单位提供劳动后应得的报酬。3、旷工是违反劳动纪律的行为，但并不意味着用人单位可以不支付工资。4、员工自离后，用人单位应按照员工实际出勤的天数计算工资。5、如果员工旷工后自离，用人单位应先与员工沟通，了解其自离原因，并按照规定处理工资发放事宜。6、如果双方就此事无法达成一致，建议通过法律途径解决。员工旷工可能原如下：1、因员工旷工的原因可能多种多样，如个人原因、家庭原因等。在这种情况下，用人单位应考虑员工的实际情况，尽量做到公正公平。2、如果员工经常旷工或违反劳动纪律，用人单位应考虑对其进行纪律处分或解除劳动合同。