干预破产清算不合法。违约金不能申报破产债权。1、房地产开发商破产清算案件，由债务人住所地人民管辖，不属于行政管理，不应干预房地产开发商与其债权人的破产清算。2、根据《最高人民关于审理企业破产案件若干问题的规定》，破产清算时，债权以实际损失为计算原则。违约金不作为破产债权。附录：《中华人民共和国企业破产法》（节选）第三条 破产案件由债务人住所地人民管辖。附录：《最高人民关于审理企业破产案件若干问题的规定》（节选）第五十五条下列债权属于破产债权：（一）破产宣告前发生的无财产担保的债权。（二）破产宣告前发生的虽有财产担保但是债权人放弃优先受偿的债权。（三）破产宣告前发生的虽有财产担保但是债权数额超过担保物价值部分的债权。（七）债务人发行债券形成的债权。