非法运输危险物质罪的主要刑罚是对自然人处以三至十年有期徒刑，情节严重者可处十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑；对单位则实行双罚制，罚金加个人犯罪处罚。法律分析；自然人犯了非法运输危险物质罪既遂的，处三年以上十年以下有期徒刑；情节严重的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。单位犯此罪既遂的，实行双罚制，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照个人犯处罚。拓展延伸；非法运输危险物质罪的定罪标准及法律适用原则。