土地转让协议违约金由转让人和受让人协商确定，协商时约定违约金的具体数额，在转让协议中载明。《中华人民共和国民法典》。第五百八十五条【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。一、土地转让的方式；土地转让有两种方式：一是土地所有人将土地所有权有偿或无偿地转移给他人，二是在土地家庭承包经营的情况下，土地转让指承包人自找对象，由第三者代替自己向发包人履行承包合同的行为。