一、向什么法院申请对调解协议进行司法确认。1、经依法设立的调解组织调解达成调解协议，申请司法确认的，由双方当事人自调解协议生效之日起三十日内，共同向下列人民法院提出。(1)人民法院邀请调解组织开展先行调解的，向作出邀请的人民法院提出。(2)调解组织自行开展调解的，向当事人住所地、标的物所在地、调解组织所在地的基层人民法院提出；调解协议所涉纠纷应当由中级人民法院管辖的，向相应的中级人民法院提出。2、法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零一条。二、调解协议书的法律后果。第一，结束诉讼程序。法院调解是人民法院的结案方式之一。调解协议生效，表明人民法院最终解决了双方当事人的纠纷，民事诉讼程序也因此而终结，人民法院不得对该案继续进行审理。