法律分析：一、本科毕业证单位要放在档案里吗。不是，个人档案跟学位证、毕业证这些东西属于不同保密级别的东西。一般档案归档案，证书归证书，但不排除单位另外准备一个袋子，把你的档案（档案有自己的袋子）和证书放一起。从道理上说，证书都是自己拿着的。而个人档案里，主要是你从初中以来的各种表格，包括成绩，评语，体检报告，各种毕业登记表，奖惩记录什么的。如果工作过，还有单位评价，包括评选先进的登记表什么。二、档案是什么。1、国家规定，档案是不能自带的，也不能拆开的，必须挂靠在有人事接收权的单位，例如：人才市场、事业单位、国企、公务员等机构，才能享受人事服务。2、档案袋必须密封保存，密封处加盖接收单位公章，拆开就失效。