进行司法亲子鉴定时，怎样收取费用应该由鉴定机构与申请人协商，协商达成意见的在司法鉴定委托书在载明。根据《司法鉴定通则》。第十六条司法鉴定机构决定受理鉴定委托的，应当与委托人签订司法鉴定委托书。司法鉴定委托书应当载明委托人名称、司法鉴定机构名称、委托鉴定事项、是否属于重新鉴定、鉴定用途、与鉴定有关的基本案情、鉴定材料的提供和退还、鉴定风险，以及双方商定的鉴定时限、鉴定费用及收取方式、双方权利义务等其他需要载明的事项。第十七条司法鉴定机构决定不予受理鉴定委托的，应当向委托人说明理由，退还鉴定材料。一、司法鉴定的程序是什么。根据《司法鉴定程序通则》规定，申请司法鉴定应遵循以下程序。1、委托；