1、原因不同。两者都是国家对行政机关及其工作人员在行政管理过程中损害公民、法人或者其他组织合法权益所采取的补救措施，但是，行政赔偿所针对的损害是行政机关及其工作人员的违法行为，而行政补偿针对的是合法行为。2、范围不同。行政赔偿的范围小于行政补偿的范围。3、程度不同。行政赔偿对公民、法人或者其他组织合法权益的补救程度不如行政补偿充分。4、程序不同。行政补偿可能是在损害发生之前由行政机关与公民协商解决，也可能是在损害发生之后由行政机关与之协商解决。行政赔偿只能发生在侵权行为发生之后，由行政机关与公民协商解决。行政补偿和行政赔偿都可以适用调解。但是，公民因与行政机关对行政补偿不能达成协议而起诉的，适用一般的行政诉讼程序；与行政赔偿义务机关对行政赔偿不能达成协议而起诉的，适用行政侵权赔偿诉讼程序