公司合并后，员工的劳动合同继续有效，由承继其权利和义务的公司继续履行，法律依据为《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条和《中华人民共和国公司法》第一百七十二条和第一百七十四条。法律分析；公司合并后员工由存续的公司或者新设的公司接收，继续履行原劳动合同。公司与员工自用工之日起建立劳动关系，订立书面劳动合同。公司发生合并或者分立等情况的，不影响合同的效力。公司合并后员工怎么处理的法律依据。《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条。用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。《中华人民共和国公司法》第一百七十二条。