合伙合同纠纷涉及违法项目法院不会处理，因为是属于违法的项目，如果是涉及到犯罪行为的话，还会移送给公安来进行处理。《民法典》第九百六十七条合伙合同是两个以上合伙人为了共同的事业目的，订立的共享利益、共担风险的协议。合同纠纷原则上由被告所在地或者合同履行地法院管辖，但双方也可以书面协议选择。因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。二、合伙合同纠纷起诉流程是什么。当事人起诉，首先应提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本。