垫付工程款纠纷处理方法如下：(一)违法分包、非法转包挂靠等造成合同无效时，工程价款的处理办法。1、如果建筑工程质量合格，可以参照合同约定的结算工程价款进行结算。2、如果建筑工程经竣工验收不合格，分两种情况处理。(1)可以修复的，修复后经竣工验收合格，应由承包方承担修复费用。(2)修复后不合格的，将不支付承包人的工程价款。3、如果发包人对建筑工程有过错，也应承担相应责任，如：提供设计不合理，提供或指定购买的材料不符合强制标准，直接指定分包人分包专业工程等。(二)承包人非法转包、违法分包或没有资质的实际施工人借用资质签订的合同无效。法律依据。《施工合同纠纷解释》第六条。