新生儿腹泻的原因可分为肠道内感染、肠道外感染和非感染性腹泻三大类。肠道内感染主要发生在人工喂养或混合喂养的新生儿，由于奶具不洁而导致病从口入。最严重的要算新生儿流行性腹泻了，它常常发生在医院里的新生儿室，病菌经过母亲产道时传给新生儿，然后由医护人员的手将细菌扩散开去。此病潜伏期短，症状重，开始时厌食、吐奶、腹胀，继之腹泻呈黄绿色水样大便，有击拍声，腥气奇臭，一天大便次数可达10次左右，很快出现脱水症状。其他像鼠伤寒沙门氏菌、轮状病毒、腺病毒等，都可引起新生儿腹泻，严重者常常威胁生命。