公司擅自罚款是否合法，需要视情况而定。1、如果公司没有相关规章制度规定，作出处罚是没有依据的，是违法的。2、如果公司有明确制度规范，员工违反了公司的制度，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚。举报公司的违法行为有哪些方法。1、向劳动保障行政部门投诉、举报。2、向调解组织申请调解。3、依法向有管辖权的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。4、者依法向人民提起劳动诉讼等。法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四条。用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。《工资支付暂行规定》第十五条。用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资。（一）用人单位代扣代缴的个人所得税。