沙沟鱼喜生活在底质为沙土、砾石、水质清亮而含氧丰富的池塘、湖泊、小河流的浅水区及山涧小溪中。平时分散居住在石隙里，用强有力的吸盘状腹鳍攀附于石壁，觅食时才从石隙中外出。成鱼喜吹跳跃，有时跳出水面，有时从一块石上跳往另一块石头。沙沟鱼一冬龄达性成熟，每年4-5月，亲鱼开始集群，雌雄鱼互相嬉戏追逐，进行生殖活动，雌鱼用鳍翻动沙粒，将卵产于沙穴中。1-2厘米的幼鱼喜欢逆水群游。每当暴雨过后，山洪下泻的两三天内，水温上升至22℃以上，洪水陡涨并转清而流速加快时，幼鱼便于白天纷纷从湖中拥入小河，与河中幼鱼汇集结群沿着河流两侧逆流向上奋进，并不停地吞食从山涧冲刷下来的水生昆虫和浮游生物。它们晚上则沉入水底用吸盘吸附于砾石上或躲在石头缝隙中休息。4厘米以上的成鱼较少有成群溯水的现象。