员工因为工伤认定和单位出现纠纷是可以申请劳动仲裁的，主要是在员工无法证明与用人单位存在劳动关系时会出现纠纷。根据《工伤保险条例》第十规定，提出工伤认定申请应当提交下列材料：(一)工伤认定申请表；(二)与用人单位存在劳动关系(包括事实劳动关系)的证明材料；(三)医疗诊断证明或者职业病诊断证明书(或者职业病诊断鉴定书)。因此当员工申请工伤认定，但又无法证明与用人单位存在劳动关系而用人单位又否认与员工存在劳动关系时，可以申请仲裁。建议员工要跟公司签订劳动合同，保存厂牌以及工资条等证据