法律分析。犯罪事实已经查清主要是指。1、定罪量刑的事实都有证据证明。2、每一个定案的证据均已经法定程序查证属实。3、证据与证据之间、证据与案件事实之间不存在矛盾或者矛盾得以合理排除。4、共同犯罪案件中，被告人的地位、作用均已查清。5、根据证据认定案件事实的过程符合逻辑和经验规则，由证据得出的结论为唯一结论。起诉书是人民依照法定的诉讼程序，代表国家向人民对被告人提起公诉的法律文书。法律依据。《中华人民共和国民事诉讼法》。第一百五十二条 判决书应当写明判决结果和作出该判决的理由。判决书内容包括。（一）案由、诉讼请求、争议的事实和理由。（二）判决认定的事实和理由、适用的法律和理由。（三）判决结果和诉讼费用的负担。