1、侵犯的法益不同非法证据是以刑讯逼供、暴力、威胁以及冻饿晒烤等精神折磨的方式为手段，通过直接侵犯公民性基本权利特别是人身权而获得的。而瑕疵证据多属程序性违法而非实质性瑕疵。2、证据的真实性不同非法证据由于是侦查人员使用肉刑或变相肉刑等方法，迫使被讯（询）问人在肉体或精神上遭受疼痛或痛苦、恐惧等情况下作出的供述，严重剥夺了其陈述的自愿性，极有可能是背离案件事实的虚假供述。而瑕疵证据的取得尽管存在违法情形，但只是程序性违法，如侦查人员遗漏了在勘验、检查笔录上签名等，一般不会因程序上瑕疵而改变证据内容，不会对证据本身的真实性、客观性产生实质性影响。