法律分析：在刑事案件中，鉴定意见往往是重要的证据之一。如果检方提出的鉴定意见存在重大瑕疵，辩护人可以通过以下几种方式进行辩护。1.举证证明：辩护人可以通过举证证明鉴定意见存在瑕疵，如提供其他证据证明鉴定人缺乏专业能力、鉴定过程不规范等。2.反驳鉴定结论：辩护人可以通过引用其他专家的鉴定结论等方法，反驳检方提出的鉴定结论，证明其不可信。3.指出程序不当：如果鉴定过程中存在程序不当的情况，如证据缺失、程序违法等，辩护人可以指出这些问题，从程序上质疑鉴定结论的可靠性。法律依据。1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百三十六条：当事人对鉴定意见有异议的，可以依照本法规定进行辩论，并可以申请重新鉴定或者提出反对意见。