农村房屋的宅基地使用权变更流程通常包括向不动产登记机构提交变更登记申请书及相关材料，包括身份证明和宅基地使用权证等，然后不动产登记机构审核所提交的材料，审核通过后完成登记。根据《不动产登记暂行条例》第十五条第一款规定，当事人或其代理人应向不动产登记机构申请不动产登记，而根据第二十条规定，不动产登记机构应在受理登记申请之日起30个工作日内办结不动产登记手续。法律分析；农村房屋的宅基地使用权变更流程通常包括以下几个步骤。1.向不动产登记机构提交变更登记申请书以及相关材料，包括身份证明和宅基地使用权证等。2.不动产登记机构审核所提交的材料。3.如果材料审核通过，则完成登记。《不动产登记暂行条例》第十五条第一款规定，当事人或者其代理人应当向不动产登记机构申请不动产登记。