医疗事故鉴定程序如下：1、当事人向卫生行政部门提出医疗事故鉴定申请；2、卫生行政部门受理申请。3、安排医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；4、专家库中随机抽取专家组成鉴定组，进行鉴定。《医疗事故处理条例》第二十条规定，卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定