一、侦查阶段存在的主要问题。、检察机关在刑事案件侦查过程中存在的问题主要表现在以下几个方面。（一）法定侦查期限内不能侦查终结的案件，办案人员不按照法律规定办理有关手续。根据刑诉法第一百二十四条、一百二十六条和一百二十七条之规定，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过两个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，经上一级人民或省、自治区、直辖市人民批准或决定，可以延长1个月或3至5个月。但在实践中，有些侦查人员对于不能按期侦查终结的案件，不按法律规定报请上级人民批准延长侦查期限，而是自行决定延期侦查。