生物反应器是指任何提供生物活性环境的制造或工程设备；在一种情况下，生物反应器是一个进行涉及到生物或生物化学活性物质由特定的生物生产出来的化学过程的容器。此过程既可以有氧进行也可以无氧进行，这些生物反应器通常呈圆筒状，其体积从几升到几立方米不等，常由不锈钢制成；生物反应器在酒类、医药生产、浓缩果酱、果汁发酵、有机污染物降解方面有重要应用。