根据法律规定，在办理自侦案件时，会和机关一样行使法定的侦查权。通过各种侦查权的合法行使，对案件有关事实、证据查明之后，侦查活动就应该终结。在侦查终结后，案件会根据侦查的结果有不同的后果。自侦案件侦查终结后的结果有以下2种。1、制作起诉意见书。人民经过侦查，认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当写出侦查终结报告，并且制作起诉意见书。2、制作不起诉意见书。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的案件，应当写出侦查终结报告，并且制作不起诉意见书。