1、木瓜根肉质，分布浅，不耐水、不耐旱。其根为直根，主根明显发达，尤其在苗期。主根两侧有侧根，侧根上生长着许多须根。成年木瓜的根根据其厚度和功能可分为“固定根”和“吸收根”。固定根附着在茎的基部，向下生长，支撑地上部分以储存养分和扩展根系。一年生以上的番木瓜定根有4~6根左右，有的定根直径粗达4~10厘米，定根四周覆盖着直径0.5毫米左右的须根，须根上部又生着极细的根毛，这些须根和根毛具有吸收营养的作用，称为吸收根。根系的发生、生长和分布随植物生长、土壤结构和水位的变化而变化。根系需要一个空气质量好、土壤疏松、土层深厚的土壤环境，其吸收根的发生尤为频繁。在这种土壤环境中，吸收根分布在15-30cm深处。如果地下水位低，根系会生长到80-100厘米的深度。