单从发炎或感染无法说明病因。诊断则须依赖病史及膀胱镜检来做确认，急性期可检验尿中白血球增加。尿路动力学检查大部分病人其膀胱容量低，膀胱镜检经常有膀胱壁黏膜充血，若单从发炎或感染角度并无法完全说明间质性膀胱炎的病因，学者认为间质性膀胱炎是由于尿液里的有毒物质及钾离子进入膀胱黏膜下之感觉神经，导致膀胱疼痛及炎性反应。中医认为膀胱虚弱和过度憋尿造成。郑秋霞中医师表示，患者常在年纪轻时因泌尿道感染，以西医治疗效果良好，而一直依赖其治疗，但随着病症牵衍日久，而西药效果日渐不明显而病症加重，在中医观点认为间质性膀胱炎是膀胱虚弱再加上过度憋尿所造成的无菌性发炎所造成。不同时期给予阶段性疗法。