公积金会进行第二次补扣。银行系统因为还款账户里资金不足或是其他原因导致扣款失败的话，则银行会在第二天进行二次补扣的。第一次扣的时候账户里没有钱，那么过一些时间会进行第二次扣款，这个时候账户里有钱就不会算逾期。一般来说，逾期一天半天基本上没问题，各地公积金管理中心与货款银行基本上都有第二次扣款的时间约定，各家银行都会有向还歉人发送要扣歉的提醒，扣款不成功也会有短信提醒，如果发现逾期一天，只要没有收到扣款不成功的短信，也就可以马上通过银行马上转账至扣款账。但如果逾期太长时间，再将钱存入卡中，银行将不会及时扣款，甚至在此之前都已经将录上传至央行了，个人征信将会受到影响，并目污点被保留5年，在此期间贷款等都会受影响，过了5年才会自动消失。