公司已报税但没发工资的原因可能有以下几种情况：1、工资数据被用人单位人力资源代报提交到了个税系统。2、用人单位的相关人员将其进行了代报，工资的交接有一定的延迟，所以个人所得税系统上会有，但现实中却未发放，具体情况需咨询单位，并尽快到单位对工资进行交接。一般的公司如果已经申报纳税后没有发工资属于违法的行为。职工可以向有关部门进行投诉。公司进行网上报税的流程如下：1、登录、核对日期、系统维护、纳税核定，基本信息维护、输入税号、保存退出。2、重进软件、系统维护、纳税核定、申报表选择，选择完保存显示到主界面。3、数据传输、其他传输、设置通讯参数(只填写注册码，选择互联网)，其他传输、字典信息下载、远程下载成功退到主界面。4、系统维护、纳税核定、基本信息维护、查看下载信息是否正确。