合伙协议能申请仲裁。合伙人履行合伙协议发生争议的，合伙人可以通过协商或者调解解决。不愿通过协商、调解解决或者协商、调解不成的，可以按照合伙协议约定的仲裁条款或者事后达成的书面仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁。合伙协议中未订立仲裁条款，事后又没有达成书面仲裁协议的，可以向人民法院起诉。仲裁的流程。1、申请和受理。申请指一方当事人根据合同仲裁条款或事后达成的仲裁协议，依法向仲裁委员会请求对所发生的纠纷进行仲裁的行为。受理。指仲裁委员会审查仲裁申请后，认为符合受理条件的，应当受理并通知当事人；认为不符合受理条件的，书面通知当事人不予受理，并说明理由。