商标平行进口侵权纠纷案件按照诉讼程序来进行一个解决，根据我国《商标法》第39条规定，对侵犯注册商标专用权的，被侵权人可以向县级以上工商行政管理部门要求处理，也可以直接向人民起诉。可见，解决商标侵权纠纷，有由工商行政管理部门处理的行政途径，也可以通过向人民提起诉讼的司法途径。1、行政解决方式；(1)商标侵权案件的行政管辖，既可以是侵权人所在地的工商行政管理部门，也可以是侵权行为地的工商行政管理部门。(2)县级以上工商行政管理部门在受礼商标侵权案件后，通过调查取证、在认定事实的前提下，制止侵权行为，并根据侵权人违法事实和情节轻重、作出行政处罚。具体处罚措施包括。1)责令立即停止销售。2)收邀并销毁侵权商标标识。3)消除现在商标上的侵权商标。