法律分析。需要区分不同情况。如果免税农产品是自产并直接销售的话可以按9%计算抵扣进项税额，如果用于生产13%税率货物的话，还可以加计1%也就是按10%计算抵扣进项税额。法律依据。《中华人民共和国税收征收管理法》。第三十四条税务机关征收税款时，必须给纳税人开具完税凭证。扣缴义务人代扣、代收税款时，纳税人要求扣缴义务人开具代扣、代收税款凭证的，扣缴义务人应当开具。第三十五条纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额。(一)依照法律、行政法规的规定可以不设置帐簿的。(二)依照法律、行政法规的规定应当设置帐簿但未设置的。(三)擅自销毁帐簿或者拒不提供纳税资料的。(四)虽设置帐簿，但帐目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查帐的。