员工试用期内造成公司损失，用人单位可以合法扣除工资，但每月扣除不得超过工资的20%。根据《工资支付暂行规定》和《劳动合同法》，劳动合同期限不同，试用期的长度也有所限制。同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。试用期内的工资不得低于最低工资标准或本单位相同岗位最低档工资的80%。法律分析；依据我国相关法律的规定，员工在试用期有内造成公司损失的，用人单位扣工资是合法的，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。