员工不配合工作的，如果是不配合履行劳动合同中应该由劳动者履行的义务的，那么可以开除不配合工作的员工，如果是强行安排不属于劳动者的工作，那么不配合工作属于劳动者自身的权利。要是用人单位发现员工并不胜任某项工作，则此时可以先根据相关法律的规定，对员工进行调岗调薪或者对其作出相应的岗位培训。而要是在此之后还不能胜任工作的话，则可以解除与该员工之间的劳动合同。这样也能避免因为不胜任工作而给单位造成损失的情况出现。劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同。1、在试用期间被证明不符合录用条件的。2、严重违反用人单位的规章制度的。3、严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的。4、劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的。