商铺使用权40年到期后应该根据当时的地价水平补缴土地出让金，再次申请土地使用权。商业用地全国统一执行的土地使用年限为40年，届满时可以提前一年提出续期申请。一、土地出让年限到期后需要续期吗。土地出让年限到期后需要续期。续期的手续。1、续期申请的提出，土地使用权出让合同约定的使用年限届满，土地使用者需要继续使用土地的，应当至迟于届满前一年提出续期申请。2、续期申请的审批，土地使用者提出续期申请后，土地管理部门应在合理期限内，尽快作出答复，除根据社会公共利益需要收回该幅土地外，均应予以批准。3、续期的性质土地使用权的续期与土地使用权的出让同其性质，也就是说土地使用权的续期也是土地使用权的出让。二、商铺的土地使用年限到期后应该怎么办。商铺的土地使用权年限到期后的处理方式如下：