商铺使用权40年到期后应该根据当时的地价水平补缴土地出让金，再次申请土地使用权。商业用地全国统一执行的土地使用年限为40年，届满时可以提前一年提出续期申请。商铺的40年就是指的土地的使用权年限，到期的只是土地租用时间，不是房产，到时候可以继续缴纳土地出让金即可重新取得房屋土地使用权。土地如果到期，所有人具有优先向国家申请延续土地使用权的权利，如果国家没有拆迁计划，则该土地可以由原所有人按照现行（到期日）的土地价格，交纳土地出让金以继续使用土地。商铺40年产权到期要由房屋产权人在到期前到房屋登记部门办理续期手续，缴纳续期费用。住宅建设用地使用权期限届满的，自动续期，续期的费用根据当地的具体规定；非住宅建设用地的使用权期限届满的，有约定的按约定，无约定的按照法律或行规处理