两者针对的对象不一样，车船税只针对国内的汽车和船舶，船舶吨税是针对进出中国港口的国际航行船舶。车船税是指对在我国境内应依法办理登记的车辆、船舶，根据其种类，按照规定的计税依据和年税额标准计算征收的一种财产税。船舶吨税是海关代为对进出中国港口的国际航行船舶征收的一种税。其征收税款主要用于港口建设维护及海上干线公用航标的建设维护。车船税：指在中华人民共和国境内属于《中华人民共和国车船税法》所附《车船税税目税额表》规定的车辆、船舶的一种税，由税务部门征收。船舶吨税：指自中华人民共和国境外港口进入境内港口的船舶的一种税，由海关征收。