1.享受的社保待遇不同。农村合同制工人参加农村合作医疗和养老，城镇合同制工人参加社区医保和养老。2.缴纳的保险种类不同。农民合同制工人本人不缴纳失业保险费。城镇合同制工人需要缴纳失业保险费。3.医保的报销项目不同。农业户口和城镇合同制户口社保报销比例不一样，药物的报销品种也不一样。城镇合同制和农村制合同制是没有太大区别的，是由员工的户口性质所决定的，对养老保险医疗保险没影响，不影响退休金，对失业保险有不同，还有的企业是城镇可以上住房公积金，农村合同工没有住房公积金。《中华人民共和国劳动合同法》第七十四条。县级以上地方劳动行政部门依法对下列实施劳动合同制度的情况进行监督检查。（一）用人单位制定直接涉及劳动者切身利益的规章制度及其执行的情况。